A chamada "Guerra de Cabo Frio" aconteceu em 1575. O Governador do Rio de Janeiro, Antonio Salema, reuniu poderoso exército com gente da Guanabara, São Vicente e Espírito Santo, apoiado por grande tropa tupiniquim catequizada. Os oficiais e soldados seguiram por terra e mar, tendo como objetivo liquidar o último bastião da "Confederação dos Tamoios" e acabar com o domínio francês que já durava 20 anos em Cabo Frio.

Após o cerco e a rendição da fortaleza francotamoia, dois franceses, um inglês e o pajé tupinambá foram enforcados, 500 guerreiros assassinados a sangue frio e aproximadamente 1500 índios escravizados. As tropas vencedoras ainda entraram pelo sertão, queimavam aldeias, mataram mais de 10.000 índios e aprisionaram outros tantos. Os sobreviventes, refugiaram-se na Serra do Mar e Cabo Frio. ("O Último Tamoio" - Pintura de Rodolfo Amoedo).

A baixada litorânea, de Macaé até Saquarema, devido a carnificina levada a efeito contra os índios, verdadeiros donos das terras, ficou transformada em um verdadeiro deserto humano, e somente movimentada com a passagem esporádica dos Goitacazes que incursionavam por estas terras a procura da caça e pesca.
Embora os portugueses não tivessem colonizado Cabo Frio após o massacre de 1575, estabeleceram um bloqueio naval mais ou menos eficiente com base na Cidade do Rio de Janeiro.

Mas, entre 1576 e 1615, com a perda da independência de Portugal para a Espanha o porto de Araruama voltou a ser frequentado por navios franceses, ingleses e holandeses em busca de pau-brasil, tornando-se também a base da pirataria contra embarcações portuguesas que procuravam dobrar o cabo. Depois de 1580, com a submissão de Portugal, a Espanha redobrou a presença destes navios que carregavam as bandeiras inimigas dos castelhanos. (Flor do pau-brasil).